法院档案室无民事调解书记载，档案室盖公章和确认章是否合法

根据我国《档案法》的规定：
第二十四条 有下列行为之一的，由县级以上人民政府档案行政管理部门、有关主管部门对直接负责的主管人员或者其他直接责任人员依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任：
（一）损毁、丢失属于国家所有的档案的；
（二）擅自提供、抄录、公布、销毁属于国家所有的档案的；
（三）涂改、伪造档案的；
（四）违反本法第十六条、第十七条规定，擅自出卖或者转让档案的；
（五）倒卖档案牟利或者将档案卖给、赠送给外国人的；
（六）违反本法第十条、第十一条规定，不按规定归档或者不按期移交档案的；
（七）明知所保存的档案面临危险而不采取措施，造成档案损失的；
（八）档案工作人员玩忽职守，造成档案损失的。
在利用档案馆的档案中，有前款第一项、第二项、第三项违法行为的，由县级以上人民政府档案行政管理部门给予警告，可以并处罚款；造成损失的，责令赔偿损失。
另根据《档案法实施办法》的规定：
第二十八条 《档案法》第二十四条第二款、第三款规定的罚款数额，根据有关档案的价值和数量，对单位为1万元以上10 万元以下，对个人为 500 元以上5000元以下。
第二十九条 违反《档案法》和本办法，造成档案损失的，由县级以上人民政府档案行政管理部门、有关主管部门根据损失档案的价值，责令赔偿损失。
如果档案丢失已成事实，赔偿是一方面，更重要的是要求档案保管机关协助重新补齐所有档案，因为将来用到档案的地方还是会有的，赔偿不能根本上解决问题。