舅舅上个星期因为公司项目的原因一直都在努力的加班，后来一个星期过去了他的项目已经完成了，再过几天公司要发放加班工资，他想直接加班费低根据基本工资来算吗

如果劳动合同里有明确约定工资数额的，应以合同约定工资为计算基数。至于是否按基本工资为计算基数，要看具体的薪资结构。
1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》 中规定“工资总额”的几个组成部分。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。