当事人双方就工伤赔偿协议达成后还可以再向法院起诉吗

可以。但如果不存在法定的协议无效，或可以变更或撤销之理由的，将认定原协议有效，并驳回诉讼请求。法律规定，协议只要是双方自愿，意思表示真实，不违反法律法规强制性规定，不违背公序良俗的，原则上，就是合法有效的。法条链接：《合同法》
1、第五十二条有下列情形之一的，合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(三)以合法形式掩盖非法目的;
(四)损害社会公共利益;
(五)违反法律、行政法规的强制性规定。
2、第五十四条下列合同，当事人一方有权请求人民或者仲裁机构变更或者撤销：
(一)因重大误解订立的;
(二)在订立合同时显失公平的。一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民或者仲裁机构变更或者撤销。当事人请求变更的，人民或者仲裁机构不得撤销
3、第五十五条有下列情形之一的，撤销权消灭：
(一)具有撤销权的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内没有行使撤销权;
(二)具有撤销权的当事人知道撤销事由后明确表示或者以自己的行为放弃撤销权。