一般纳税人个人独资企业注销清算，税管员批账务不健全要补缴个人所得税，计税基础是3年收入的1%，合理？

税管员说你账务不健全，还真没有说错。因为从你描述的情况，账务确实够混乱了。老板和朋友的投资，应当以老板的名义记入“实收资本”，不应记入“其他应付款”。实收资本20万元，却记200万元。个人独资企业有利润，却在期末账务上呈现亏损。有利润就应当缴纳个人所得税，而实际没交过。也不知道老板给朋友分红记在什么地方。应纳税的收入不仅仅是开票收入，还包括没有开票的收入。等等。税管员不可能将三年的账凭证全部给你理顺一遍的。另外，因为从来没有交过个人所得税，按照3年收入的1%核定应交个人所得税，而且只按照开票收入，应该说不高。