此种情况应按照最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第2条和第3条的规定处理。该司法解释第2条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”第3条规定：“建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：
(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;
(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。”根据上述规定，我们认为，对建设工程施工合同已经履行完毕后被确认无效的处理方式是：
第
一，建设工程施工合同已经履行完毕后，建设工程经竣工验收合格的，建设方应该参照合同约定支付施工方工程价款，但仍应追究双方的其他相应法律责任，否则这种情况就和有效的建设工程施工合同无任何区别了。
第
二，建设工程施工合同已经履行完毕后，建设工程经竣工验收不合格的，要分两种情况给予不同处理：一是维修后建设工程经竣工验收合格的，建设方仍应参照合同约定支付建设方工程款，但建设方应承担相应的维修义务，或自己维修，或负担建设方维修费;二是维修后建设工程经竣工验收不合格的，建设方不支付施工方工程款，对此损失由施工方自行承担。同时按照双方的过错及过错大小对其他损失承担相应的赔偿责任。这里的其他损失包括签订、履行合同和合同被确认无效后的后续费用，如拆除质量不合格的建筑物的费用、工程延期费用、材料费等。
(四)建筑工程施工合同被确认无效后，如果该合同属于损害国家、集体或者
第三人利益情形的，应收缴财产我国《合同法》第59条规定：“当事人恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的，因此取得的财产收归国家所有或者返还集体、第三人。”我们认为，关于应收缴财产的范围应该是当事人因订立、履行无效建设工程施工合同而取得的利益或者利润，这是由无效合同的法律性质所决定的。无效合同最基本的法律后果就是恢复原状，恢复到合同签订以前的状态，当不能恢复时就要折价补偿，当产生其他损失时就要按照过错承担赔偿责任。基于此，当该合同属于损害国家利益时，所获得的利益应收缴归国家所有;如果是损害集体或者第三人利益的，则其所获得的利益应返还集体和个人。因此，收缴的财产范围应限制在所获利益或利润，不能扩大到其他财产。
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