事后我和他签订了事故赔偿协议书，甲方已为乙方垫付全部医疗费用。并甲方协助乙方向其保险公司索赔

发生交通事故之后，由交警判定责任，然后按责任比例赔付。如果小事故，能够自己协商的，可以直接报保险公司处理。
1、如果是同等责任，可选择各赔各，即自己找自己的保险公司进行索赔（这种需要双方保险公司达成共识才可以），这种处理适合双方损伤差不多的情况。或者保险公司互赔（即本车由对方车的保险公司理赔），也是适合双方损伤差不多的情况。复杂一点的就是，自己保险公司赔50%，对方赔50%。资料的话就只是发票需要开两张，均分维修费，其他一样（一般是双方损伤相差较大的情况）。
2、主次责任与同等责任差不多，只是不能各自赔付或者互赔（除非保险公司能达成协议），按责任比例进行赔付，发票一样按比例开两张。
3、全责，这是比较好处理的一种情况，以上两点都是需要报各自的保险公司。这种情况只需要全责方报保险就可以了，三责的所有损伤都由全责方理赔。三责无损，提供交强险的复印件就可以了。
4、单方事故，这种情况可以不报交警（小事故，不影响道路安全），直接报保险公司即可。
5、出现人员伤亡，赔付也与上面的差不多，超过交强险部分，由三责险赔付。（需提供医疗发票，进口药不赔付）