保险公司以没有有效行驶证以及被保险人承担主要责任为由拒赔是不合法的。保险公司的保险合同中的格式条款有免除保险公司责任、加重对方责任、排除对方主要权利的,该条款无效,应该履行理赔义务。
根据《合同法》第三十九条 采用格式条款订立合同的,提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务,并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款,按照对方的要求,对该条款予以说明。
格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定,并在订立合同时未与对方协商的条款。
《合同法》第四十条 格式条款具有本法第五十二条和第五十三条规定情形的,或者提供格式条款一方免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利的,该条款无效。