申请退货但卖家依旧发货,运费应由谁承担?

不一定，你所退货是的还是与后批次关联的。
交付不能实现合同目的的，买受人可以就该批以及今后其他各批标的物解除。
买受人如果就其中一批标的物解除，该批标的物与其他各批标的物相互依存的，
可以就已经交付和未交付的各批标的物解除。
第一百四十八条因标的物质量不符合质量要求，致使不能实现合同目的的，买受
人可以拒绝接受标的物或者解除合同。买受人拒绝接受标的物或者解除合同的，标的
物毁损、灭失的风险由出卖人承担。