有两个宅基地，其中一个被征用，只赔偿房屋不赔偿宅基地，请问合法吗？

合法的。
征收农村宅基地的补偿，分为两个部分：
一、宅基地补偿费：是按照宅基地原用途和面积给予的补偿。宅基地属于农民集体所有，是村集体依法无偿划拨给农户建房的，农民有使用权，没有所有权。这一部分的补偿费，应当归村集体经济组织所有。
二、地上附着物的补偿费：是按照宅基地上的建筑物的架构和面积给予的补偿。因为建筑物是农民个人财产，所以这一部分的补偿费，应当归个人所有。
《土地管理法》
第八条农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。
第十条农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理。
第四十七条征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。
征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。
征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。
第四十九条被征地的农村集体经济组织应当将征收土地的补偿费用的收支状况向本集体经济组织的成员公布，接受监督。