员工自愿离职，但是被扣除工资，违法吗？（没有签订劳动合同）

通过正常手续离职，也就是说按照《劳动合同法》第三十七条的规定，履行了提前三十天书面通知义务，并继续工作至三十天届满后，劳动合同终止，劳动关系解除，可以得到已工作期间的工资。
公司恶意扣除员工工资，违反了《劳动法》第五十条“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”的规定，侵害了员工的合法权益。
建议向劳动监察部门投诉，请求干预并查处。
也可以通过直接向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请的方式予以解决。