本案，处理起来是有些难度，但并非楼上所言的那么的艰难，只要合法的利益，都将受到法律的保护！以下，是我基于个人和法律的角度，对本案提出的解决策略： 按《公司法》第38条第1款第2项规定“董事、监事由股东会选举和更换，其报酬由股东会决定”； 第47条规定“董事会决定公司决定聘任或解聘公司经理及其报酬”，而大股东、总经理的提成也属于报酬范围内的事情，决定权不在于他一个人，而在于股东会和董事会，当然，具体怎么决定，由公司章程予以规定。 另据第148条规定“董事、监事、高级管理人员应当对公司负有忠实和勤勉义务，不得侵占公司的财产。” 第149条“公司董事、高级管理人员不得利用职务的便利为自己谋取违反忠实义务的利益，其违规所得收入应归公司所有。” 第150条“董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。” 据此，该大股东（估计也是董事长）兼总经理擅自制定自己的个人提成，已构成侵害公司及其他股东利益的行为，按公司法的规定，应当追缴其违规所得归于公司，若累计违规所得达到3万元，则构成违反刑法第条的侵占公司财务罪，可以追究其刑事责任。 救济策略如下：
1、提议召开股东会，罢免该大股东的董事，并要求其偿还违规所得（注：股东会表决权按所持有的投资额比例）；
2、若该大股东以所占60%表决权否决该提案，则：
3、召集董事会罢免该股东的董事长和总经理职务，并要求其偿还违规所得（注：董事会表决权一人一票）；
4、若因公司章程的原因，以上动作均不能撼动该大股东，则：
1）任何小股东向监事会提出书面请求要求监事会向人民提讼；
2）若监事会不履行职责，或逾期三十日未提讼，或情况紧急、不立即公司利益将受到难以弥补的损害，股东有权直接以自己的名义向人民提讼，请求人民判令该大股东的违法所得收归公司，并赔偿你所遭受的损失；
3）以上的诉讼作为民事诉讼受理后，若发现该大股东涉嫌侵占公司财产，应转为刑事案件进行处理，按《刑法》第271条“公司人员利用职务上的便利，将本单位财产非法占为己有，数额较大的，处5年以下有期徒刑，数额巨大的，处5年以上的有期徒刑，可以并处没收财产。”（3万以上则构成数额较大，近二十万以上可以构成数额巨大）；
4）若转入刑事诉讼，你可以以受害人的身份向人民提交《刑事附带民事诉讼》，要求该大股东的违法所得，收归公司，并承担对小股东的赔偿责任。 届时，只要你将公司基本资料、章程、该大股东未经股东会决议的收入、提成标准和财务凭证等证据提交，则胜券在握。 简单总结一下：该大股东，经过如此程序，必然会被判以法律的后果。
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