虽然《工伤保险条例》将农民工列为其保护对象，但在现实生活中，农民工工伤认定中还存在许多问题，主要有以下几个方面：
首先，劳动关系的模糊性。劳动关系的模糊性一方面表现为劳动合同的缺失。因为《工伤保险条例》第十八的规定，劳动合同或者其他证明劳动关系的材料是申请工伤认定时应提交的必要材料之一，这就会对农民工工伤认定问题带来举证上的困难，使农民工在工伤认定中处于十分被动的境地。
其次，利益驱动下的农民工工伤保险参保率低。造成农民工工伤保险参保率低的重要原因之一就是用人单位依法给未签订劳动合同的农民工参保，节约下来的费用可以成为他们利润的一部分。这就严重影响了农民工工伤保险待遇实际落实。
最后，对农民工工伤认定及合法权益的保护的法律法规欠缺。现行的法律法规体系中缺乏带有强制性的法律规定，缺乏对农民工工伤认定的专门的法律保护。
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