加班费基数低于最低工资标准，会被扣除吗？

一、加班费按最低工资标准计算吗
1、如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
2、如果劳动合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》中规定“工资总额”的几个组成部分。但是应当注意一点，在以实际工资都可作为加班费计算基数时，加班费、伙食补助和劳动保护补贴等应当扣除，不能列入计算范围。
3、在确定职工日平均工资和小时平均工资时，应当按照劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》劳社部发3号规定，以区别版，以每月工作时间为21.75天和174小时进行折算。
4、实行计件工资的，应当以法定时间内的计件单价为加班费的计算基数。
5、加班费的计算基数低于当地当年的最低工资标准的，应当以日、时最低工资标准为基数。综上，加班费的计算根据不是依据最低工资标准计算的。
二、如何计算不同情况下的加班费确定了加班费的计算基数后，还必须区分不同情况，才能准确计算出加班费，实践操作中具体要把握以下几点：1、标准工时制度的加班费计算。按照劳动部《关于印发工资支付暂行规定的通知》，应按以下标准支付工资：1用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150支付劳动者工资2用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200支付劳动者工资3用人单位依法安排劳动者在法定休假日工作的，按照不低于劳动合同的劳动者本人日或小时工资标准的300支付劳动者工资。
2、综合计算工时制度的加班费计算。按照劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》和《关于职工工作时间有关问题的复函》规定，经批准实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按《劳动法》第44第1款的规定支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第44第3款的规定支付工资报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
3、不定时工时制度的加班费的计算。一般情况下，经批准实行不定时工作制的企业不需要支付加班费。但是应当注意，用人单位在法定休假日安排职工工作的，仍然应当按照不低于本人工资标准的300支付加班费。