请问我初次领证D照是2012年8月13日领证的，增加B2照是2015年12月3日领证的，被扣了两个三分参加学习是按初次领证的日期参加学习吗？还是依B2这个日期参加学习？

肯定是按B2照学习。因为你是并照的按GA部交管局的答复是老实习证老办法，新实习证新办法，你这种情况目前肯定算实习期，但按解释是可以单独上高速的。但是不排除地方交警执行理解的问题，给你查扣罚款了，最近好像就有新闻报告，交警1月1日就抓了单独上高速的实习驾驶员。
所以在政策没有完全明朗以前，建议还是在有老司机陪同的情况下上高速，避免惹来没有必要的麻烦。