买卖合同，已经把货物发给对方，但对方迟迟不按照合同约定支付货款。最近支付了部分货款，可以作为违约金扣除吗？货款扣除违约金合法吗？

建议不要这么做。如果对方违约，可以单独主张违约金。至于货款扣除违约金合法吗，肯定不合法。这是两个法律概念的。

【法律意见】
1，交易双方应按照实际经济业务结算，销售方应按照合同价格确认收入并依法计缴相关税金，购货方则按照合同金额支付款项。
2，如存在违约事项，一般应另行结算。
3，如销售方因故需支付违约金，购货方为简便操作而直接少支付货款，则购货方应开具相应发票以确保事项的完整。
4，违约的产生不应影响经济业务结算价的正常运作，故对销售达成相应税金不存在影响。
【法律依据】
《合同法》规定：
第一百零七条 当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
第一百零九条 当事人一方未支付价款或者报酬的，对方可以要求其支付价款或者报酬。
第一百一十四条 当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第一百一十六条 当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。