协议纠纷管辖流程

结论：确定管辖法院、起诉。
解析：
协议纠纷确定管辖法院时应当按照以下流程进行：
一、当事人想约定管辖时，在不违反法院级别管辖和专属管辖的情况下可以在书面协议中协议选择被告住所地、协议履行地、协议签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖。
二、当事人已经约定管辖的，以约定的为准。
三、当事人没有约定管辖的，通常由被告住所地或者协议履行地法院管辖。
四、当事人确定管辖法院后，应当向管辖法院提交起诉书，申请立案。
法律依据：
《民事诉讼法》第二十四条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。