1. 要回机器设备应该没有问题,因为这是物权属性,且租赁人占有且未归还机器的状态一直持续到现在,故时效不是问题;
2. 租赁合同到期后,双方按原合同继续履行而未书面续约或另订合同,法律认为双方订立了一个不定期限的租赁合同。
3. 全部租金能否追回,那要看你租赁合同中关于支付租金时间的约定,如果是按月或按年支付租金(即约定了支付租金的时间),那么这涉及到一个特殊诉讼时效,我国法律规定“下列的诉讼时效期间为一年:……(三) 延付或者拒付租金的”。你不一定能拿到全部3年的租金,但你可以向法院起诉要求支付从起诉日向前倒推一年至今的租金。
如果合同中只是笼统的约定了租金,未写明必须支付租金时间,那么你可以主张全部的租金。
4. 你这里面还涉及一个债务继承问题。
承租人已经死亡,那么承租人的债务人如果是继承了承租人的遗产,则也相应继承了承租人的债务。你可以(应该)以承租人的全部继承人为被告,起诉要求退还机器并支付相关租金。