下班途中遭遇交通事故，肇事方已做赔偿。现走工伤程序，工伤认定为9级，伤残补助金已给，现社保局为何只赔偿医药费的20％？停薪留职期间工资是谁给？

不是的。工伤待遇应当区分待遇项目、支付途径分别处理，原则是：劳动保障行政部门认定工伤的，其工伤待遇应当区分待遇项目、支付途径分别处理，原则是：
(1)属于发生的医疗费、康复费、辅助器具配置更换费等费用项目的，只能按实际发生金额给付，已按相关事故伤害处理规定获得相应赔付的，不能重复给付;若其赔付金额低于工伤保险规定的标准水平的，属参保职工的，应当由工伤保险基金补足差额至规定标准;
(2)属于住院伙食补助费、就医交通住宿费、停工留薪期工资和护理费项目，已按相关事故伤害处理规定获得相应赔付的，不能重复给付;若其赔付金额低于工伤保险规定的标准水平的，应当由用人单位补足差额至规定标准;
(3)属于赔偿性的待遇项目，只要工伤保险法律法规对赔偿待遇项目没有作出竞合规定的，应依法按规定赔偿相应的待遇项目。