土地使用权租赁合同纠纷，是指出租人与承租人相互之间对土地使用权租赁合同的履行情况以及不履行的后果产生争议。对履行的情况产生争议，一般是指对土地使用权租赁合同是否已经履行或者其履行是否符合合同规定发生争执。对不履行的情况产生的争议，一般是指对于没有履行或者没有完全履行的土地使用权租赁合同的责任应当由哪一方承担，承担多少所发生的争执。
土地使用权租赁合同纠纷的解决方式同其他合同一样，有协商、调解、仲裁、诉讼四种方式，这里，主要谈谈人民法院在审理土地使用权租赁合同纠纷案件时应注意的几个具体问题。
1、土地使用权租赁合同案件的受理与管辖。
凡是平等主体的公民之间，法人之间，其他组织之间及其相互之间发生的以土地使用权租赁为标的的民事权益纠纷，均应作为民事案件，一律由民事审判庭或人民法院受理。
向人民法院起诉的土地使用权租赁合同纠纷案件，应当符合我国《民事诉讼法》第一百零八条规定的条件，同时，还要符合该法第二十二条“对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖”，第二十四条“因合同纠纷引起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖”的有关规定。除了依照法律明确规定的管辖外，当事人也可以依照我国《民事诉讼法》第二十五条“合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖的规定。”也就是说，双方当事人在订立合同时，可以依照法律的规定，在合同的争议解决条款中，协议选择上述规定中的任意一个地方的人民法院为解决合同争议的管辖法院。
2、土地使用权租赁合同纠纷案件的诉讼时效。
依照我国《民法通则》第一百三十五条之规定，一般情况下，出租人与承租人发生纠纷后，向人民法院起诉的时限为2年，从当事人知道或应当知道自己的权利受侵害之日起计算。这是法律明确规定的诉讼时效期间。在诉讼时效期间内，如果当事人向对方(债务人)主张过权利，或者债务人同意履行义务，或者当事人请求有关调解组织进行调解，或者当事人向人民法院提起诉讼，那么，原诉讼时效中断，诉讼时效期间从中断之日起重新计算。反之，如果当事人(权利人)在自己的权利受到侵害之日以后的2年内，未发生诉讼时效中断的事由，超过2年以后又向人民法院起诉的，这时权利人就只享有诉权，而永远丧失了胜诉权。
在土地使用权租赁合同纠纷中，如果是因承租人延付、拒付租金而引起纠纷导致的诉讼应适用特殊诉讼时效。依照我国《民法通则》第一百三十六条：“延付或者拒付租金的诉讼时效为一年”之规定，当事人必须在知道或者应当知道自己的权利受侵害之日起一年内向法院提起诉讼。超过一年而当事人又没有诉讼时效中断的有力证据的，权利人也同样丧失了胜诉权。但是，从权利被侵害之日起超过20年，人民法院不予保护。若遇特殊情况，人民法院可以延长诉讼时效期间。超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，则法律不禁止。
3、处理土地使用权租赁合同纠纷案件应遵循的基本原则。
(1)有利于土地使用权有偿使用的原则。
(2)依法保护合同的原则。在处理这类案件时，应当尊重合同双方当事人的意思表示，只要双方当事人的约定不违反法律、政策，不损害国家利益、社会公共利益和他人利益，就应维护合同的法律效力。一方当事人以法律没有规定为由，否认合同的效力，不应予以支持。
(3)公平保护当事人合法权益的原则。土地使用权租赁纠纷案件中的当事人，不论是自然人还是法人，是本地人还是外地人，是中国人还是外国人，其主体资格和法律地位都是平等的，在土地使用权租赁中的合法权益都应当公平地依法予以保护。一方利用经济优势，进行不正当竞争，转嫁经营风险的行为应不予保护。坚决抵制地方保护主义和部门保护主义。人民法院处理涉外、涉港澳台土地使用权租赁合同纠纷案件时，应注意当事人的实际情况和特点，正确运用我国对他们的优惠政策，保护他们的合法权益。
4、审理土地使用权租赁合同纠纷案件的法律适用问题。
人民法院在审理土地使用权租赁合同纠纷案件适用法律时，应注意以下几点：
(1)法律、法规有明确规定的，要依照法律、法规的规定进行处理;
(2)法律、法规没有规定的，要依照国家政策处理;
(3)法律、法规、政策都没有规定的，应根据《民法通则》的基本原则，结合具体案情，从有利于保护双方当事人的民事权益，有利于土地有偿使用的原则出发，实事求是、合情合理地处理。
在土地使用权租赁合同纠纷中，合同订立后，出现当事人无法预见和克服的客观因素，如：国家政策性价格调整、税率调整、国家规费调整等，如继续履行原合同显失公平的，可适用情势变更原则酌情进行处理。
5、土地使用权租赁合同无效的的认定。
法院在审理土地使用权租赁合同纠纷时，应注意审查租赁合同是否违反了法律、法规和土地使用权出让合同的规定。凡违反《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第二十八条至三十一条规定的，所签订的土地使用权租赁合同应认定无效。另外，还应注意审查通过划拨方式取得土地使用权的一方出租土地使用权时，是否经县级以上土地管理部门和房管部门的批准，是否支付了全部土地出让金等。凡未经合法批准，擅自出租划拨土地使用权，而与对方发生了租赁合同纠纷，诉至法院处理的，或出租人违背《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十五条至第四十七条的规定，未经合法批准，自行出租或变相出租划拨土地使用权的合同，均应认定为无效，并根据双方的过错程度大小，判定双方各自承担相应的民事责任。
6、承租人对地上建筑物、其他附着物进行改建、扩建而与出租人发生纠纷的应区别不同情况进行处理。
(1)如果承租人在改建、扩建之前已征得出租人同意，且双方对产权有约定的，按约定处理。
(2)如虽经出租人同意，但对产权没有约定的，产权应归出租人。对改建、扩建地上建筑物或其他附属物的费用，由出租人折价偿付。
(3)如承租人未经出租人同意，擅自改建、扩建地上建筑物或附属物的，能够拆除的，可以责令拆除;不能拆除的，也可以适当折价归出租人所有;若造成出租人损失的，应当负赔偿责任。
(4)承租人在合法使用租赁的土地时，因不可抗力而使地上建筑物和其他附属物灭失的，原则上应由出租人申请重建。如承租人征得出租人的同意，重建地上建筑物有约定的，按约定处理，没有约定或未经出租人同意而擅自重建、改建的，产权仍归出租人，对因重建、改建、扩建地上建筑物而支出的费用，由出租人予以适当补偿。
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