朋友的公司与一家公司签订合作协议，项目建成运行一段时间后，别家公司突然单方毁约，合同的权利义务转让后诉讼主体的确定是什么？

根据你描述的情况，各方当事人所涉及到法律关系构成我国《合同法》上的债权转让法律关系。《合同法》规定的债权转让，是指债权人将已经发生法律效力的债权转让给合同当事人以外的第三人的行为。
《合同法》第七十九条规定，债权人可以将合同的权利全部或者部分转让给第三人，但有下列情形之一的除外：
（一）根据合同性质不得转让；
（二）按照当事人约定不得转让；
（三）依照法律规定不得转让。《合同法》同时规定，债权人转让权利的，应当通知债务人。未经通知，该转让对债务人不发生效力。
债权转让生效后，即具有相应的法律效力，新债权人立即享有合同约定的对债务人的所有权利，债务人对新债权人应当履行相应的义务，该合同依然有效且得履行。当然，债务人对原债权人享有的基于合同的所有抗辩权利，对新债权人依然有效。而新债权人与债务人之间就合同的履行发生争议的，债权人可以根据合同约定向人民法院主张债务承担违约责任。
本案中，甲公司作为原债权人将合同债权全部转让给了王先生，并履行了法定的通知义务，该转让行为依法对各方当事人发生法律效力。王先生相应的享有了基于合同所有应当享有的权利，乙公司作为原合同的债务人依然对王先生承担履行合同约定的全部义务的法律责任。
如果王先生确定乙公司存在不履行合同约定义务的情形，有权向人民法院起诉乙公司，要求其承担违约责任，对给王先生造成的经济损失承担相应的赔偿责任。
上述分析在法律理论上不存在任何障碍，实践中也有大量的案例可以参考。例如，中国长城资产管理有限公司曾经将其对某省东营水泥制品厂的1050万元债权转让给自然人王某，后债务人东莞水泥制品厂不履行债务，债权受让人王某通过向人民法院起诉，要求债务人履行清偿责任，该案经人民法院一审和二审判决，最终法院判令债务人向债权受让人王某承担债务清偿责任。