最高人民法院之所以规定在因医疗行为所引起的侵权纠纷中施行举证责任倒置，是考虑到此类法律关系的特殊性，其目的是为了更好地体现公平原则和诚实信用原则。但是，在实践中，存在着多种可造成医疗机构的举证不能的情形。首先，医学科学自身的发展造成了医疗机构举证不能。众所周知，医学是一门专业性很强的学科，临床医学又具有复杂的多变性、局限性，还有许多不解之谜。再加上医学的特殊性、风险性和人体的差异性，在医疗诊治过程中对某疾病的治疗所产生不良反应，不是可以用简单的对和错回答。此方面包括：
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1)患者来就诊前的情况医生不掌握。如一些特殊疾病的隐匿性，不做C、核磁等检查，无法确诊。但如若患者稍有症状就进行全面检查又存在加重患者费用负担的问题，并且此种情况可引发国家医疗保险费用增加，如检查后患者一切正常，患者会因增加费用向医院提出没有检查必要的问题，引发医患之间的矛盾，使医务人员处于两难的境地。
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2)患者拒绝治疗和隐瞒病史产生的后果无法举证。如患者或者家属不同意手术，不配合进行特殊检查；死亡患者家属拒绝解剖检查病因，并且拒不在病历上签字，患者不如实向医生陈述病情等，在此种情况下，医生不能强迫其签字，并且有时也无第三人在场，甚至有时派出所的公安民警在场也不愿做证人签字，医院很难举证。
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3)患者出院后的情况医生不掌握。出院后病人使用何种药物治疗，产生何种疾病又到何处就诊，对其疾病后果的发生有无影响医院无法监控，当然也就无法举证。
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4)门诊病历、小本、片、C、病理片等有关资料可以被患者拿走，有些是由患者自己保存，其拒不交出，也可造成医疗机构无法举证。
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5)病人假冒他人姓名住院治疗，医院无法提交其真实姓名病历等。上述客观情况均可以造成医疗机构的举证不能，法院在审理这类案件中适用举证责任倒置必然导致医疗机构的败诉。立法者在规定此类纠纷适用举证责任倒置时，未能对以上诸多情形予以考虑，不能不说是一大缺陷。
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