未成年轻伤二级有协议谅解书可以不起诉。《最高人民检察院一厅关于办理免诉案件的质量标准》规定:
(三)根据刑事诉讼法
第一百四十二条
第二款决定不起诉的案件人民检察院对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,经检察委员会讨论决定,可以作出不起诉决定。对符合上述条件,同时具有下列情形之一的,依法决定不起诉:1.未成年犯罪嫌疑人、老年犯罪嫌疑人,主观恶性较小、社会危害不大的;2.因亲友、邻里及同学同事之间纠纷引发的轻微犯罪中的犯罪嫌疑人,认罪悔过、赔礼道歉、积极赔偿损失并得到被害人谅解或者双方达成和解并切实履行,社会危害不大的;3.初次实施轻微犯罪的犯罪嫌疑人,主观恶性较小的;4.因生活无着偶然实施盗窃等轻微犯罪的犯罪嫌疑人,人身危险性不大的;5.群体性事件引起的刑事犯罪中的犯罪嫌疑人,属于一般参与者的。