1、本罪与一般打击报复行为的界限
国家工作人员滥用职权，实行打击报复，但情节显著轻微，危害不大的，一般不以犯罪论处，可予批评教育，或者给予相应的行政纪律处分。但报复陷害，致使被害人的人身权利、民主权利或者其他权利受到严重损害的、手段恶劣的、致人精神失常或自杀的、以及造成其他严重后果的，应当以报复陷害罪论处。
2、本罪与诬告陷害罪的界限
这两种犯罪都侵犯了公民的人身权利、民主权利和国家机关的正常活动，都有陷害他人的故意。其主要区别在于：
(1)主体要件不同。报复陷害罪的主体只能是国家机关工作人员，而诬告陷害罪的主体则可以是任何公民;
(2)犯罪目的不同。报复陷害罪的目的是打击报复陷害他人，而诬告陷害罪的目的则是意图使他人枉受刑事追究;
(3)犯罪手段不同。报复陷害罪必须是基于职务，滥用职权或假公济私，诬告陷害罪则不要求必须利用职权;
(4)陷害的对象不同。报复陷害罪只限于控告人、申诉人、批评人、举报人这四种人，而诬告陷害罪可以是任何干部和群众。
3、本罪和打击报复证人罪的界限
(1)犯罪客体不同。打击报复证人罪侵犯的客体是复杂客体，即国家司法机关的正常活动和公民依法作证的民主权利。证人，是案件得到合法、公正处理的关键性因素之一，有些案件特别是刑事案件，证人的作用尤为重要。对证人进行打击报复必然会导致证人不敢作证或推翻原来所作出的证言，从而破坏司法机关执法活动的进行。因此，本罪属于妨害司法罪之类。报复陷害罪侵犯的客体是公民依法享有的控告、申诉、批评、检举等民主权利，同时也妨害了国家机关的正常管理活动，
(2)犯罪的客观方面不同。打击报复证人罪的客观表现为对证人进行打击报复的行为，既可以是行为人利用手中职权，假公济私，对证人进行打击报复，也可以是行为人没有利用职权而对证人采用恐吓、行凶、伤害等手段进行报复。打击报复证人罪侵害的对象只能是依法作证的证人。这里的证人是指知道的案件事实情况并向司法机关提供证词的人。报复陷害罪的客观方面则表现为行为人利用手中的职权，假公济私，对他人进行报复陷害的行为。其侵害的对象只限于控告人、申诉人、批评人、举报人。
(3)主观方面不同。两罪的主观特征都表现为直接故意，但行为人具体的故意内容不同。打击报复证人罪的行为人出于报复证人的目的，明知自己的行为必然会妨害国家司法机关的正常活动和侵害证人的合法权益，却希望这种结果的发生;报复陷害罪的行为人则出于报复陷害控告人、申诉人、批评人、举报人的目的，明知自己的行为会侵害上述人等的民主权利，妨害国家机关的管理活动，却希望其结果的发生。
(4)两者的主体要件不同。打击报复证人罪的主体为一般主体，凡年满16周岁具有刑事责任能力的人都可构成本罪，行为人既可以是国家工作人员，也可以是一般的公民;而报复陷害罪的主体则为特殊主体，即只有国家机关工作人员才能构成本罪。
4、本罪与滥用职权罪的界限
所谓滥用职权罪是指国家机关工作人员超越职权，擅自决定，处理其无权决定处理的事务，或者故意违法、违纪处理公务，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。本罪与报复陷害罪的主要区别表现在以下几个方面：
(1)侵犯的客体不同。滥用职权罪侵害的客体是国家机关的正常管理活动。报复陷害罪侵害的客体则主要是我国公民依法享有的控告权、申诉权、批评权、检举权等民主权利，同时也妨害了国家机关的正常管理活动。
(2)客观方面不同。滥用职权罪的客观方面表现为行为人滥用职权，并导致了公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。二个方面缺一不可。报复陷害罪的客观方面要求行为人必须滥用职权，假公济私，对他人进行报复陷害。其滥用职权的表现形式可能与滥用职权罪相同，但并不以造成重大损失为要件;报复陷害罪侵害的对象仅限于控告人、申诉人、批评人、举报人，滥用职权罪侵害的对象则既可是物，也可是人，被侵害的人没有身份限制。
(3)主观方面不同。滥用职权罪的主观方面是故意，既可以是直接故意，也可以是间接故意。其故意的具体内容是行为人明知自己滥用职权的行为会造成公共财产、国家和人民的利益遭受重大损失的结果，而希望或放任该结果的发生;报复陷害罪的行为人，则主观上具有报复陷害控告人、申诉人、批评人、举报人的目的，明知自己的行为会侵犯上述人等的民主权利和妨害国家机关的正常管理活动，却希望这种结果的发生，只有直接故意才能构成此罪。
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