旷工三天自动离职还会有工资吗

有。原因如下：
1、就算旷工三天，虽属违反劳动纪律，还不能算严重违反厂里的规章制度，何况厂里还要有这方面的规章制度，如果没有（就算有没有告知员工也是无效的）还要为此扣工资并算你自离解除劳动合同，则属于厂里违法。属于拖欠员工工资和违法解除劳动合同的行为。
2、对于拖欠员工工资的违法行为，依据《劳动合同法》第八十五条的规定，用人单位应按拖欠金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。可依据《劳动合同法》第三十条的规定，依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
3、对于违法解除劳动合同的行为，可依据劳动合同法第八十七条的规定，要求厂里依照第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
4、上述要求厂里一般不会轻易给你，只有到劳动仲裁部门申请仲裁（不收费），通过劳动仲裁下达的裁决书，向厂里索赔，如果还不赔，并可申请法院强制执行。
5、仲裁时，你可尽量收集一些相关证据，有利于裁定，没有也不要紧，按《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六条的规定，劳动纠纷案件举证的主要责任在用人单位，到时会责令用人单位出示有关证据，如果进入民事诉讼也是同样的。