注销后合同存在纠纷怎么处理

可以仲裁，也可以起诉到法院。
一般来说，关于公司注销后的合同纠纷，不能起诉公司，但可以起诉公司的原股东。当事人还可以通过和解或者调解或者仲裁方式来解决。当事人也可以直接起诉到人民法院的民事纠纷，法院认为适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
法律依据：
《民事诉讼法》第一百二十二条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。