甲方扣除乙方违约金数额过高怎么办

1、甲方扣除乙方违约金数额过高的，乙方可以请求法院或仲裁机构根据实际造成的损失适当降低。如果当事人约定的违约金的数额超过实际损失的百分之三十，算过高。
2、《民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
3、约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。