小额贷款公司主要面临的风险：

1、利率方面的风险
小额贷款公司的贷款利率波动区间为中国人民银行公布的同期同档次贷款基准利率的0.9～4倍。中国人民银行利率水平的变化，将会影响小额贷款公司的贷款利率及收益状况，利率的波动和变化加剧了小额贷款公司的利率风险。同时，在我国利率市场化改革步伐加快的情况下，未来利率的市场化波动会进一步影响其经营状况。
2、信用方面的风险
小额贷款公司目前只能在注册地行政区域内开展业务，不允许跨行政区域经营。这一规定也使小额贷款公司业务集中在一定行政区域内，一旦遭受天灾，农民收入减少，而农民又属于弱势群体，承受风险损失的能力有限，这会削弱其还贷能力，从而给小额贷款公司带来经营风险。
除了农户经营风险导致的信用风险外，小额贷款公司还面临着单纯由农户道德风险而带来的信用风险。由于我国农村生产力发展水平低下，农村的信用环境较差，有些农民信用观念比较淡薄，赖债、逃债思想较重，道德风险难以抵制。
3、操作方面的风险
目前我国的小额贷款公司从人员构成上来看，普遍存在着人员少、专业技能弱的局面，小额贷款公司的大部分人员均没有从事过金融业务，业务知识欠缺，极容易产生操作风险，并且许多小额贷款公司目前尚还没有设立专门的风险管理岗位和配备相应的人员，风险处置业务操作也只是停留在文字上的规章制度。
4、法律方面的风险
目前我国小额贷款公司尚处于探索阶段，相关的法律、法规还不完备，这种法律法规的欠缺使小额贷款公司的身份尚不明确，由此面临着一定的法律风险。
小额贷款公司是由当地政府批准设立，在工商管理部门登记的企业法人，没有取得金融许可证。从小额贷款公司提供的业务来看，只提供贷款业务使它不同于商业银行，不适用于商业银行法。