检察院已经批捕了是否还能撤销案件

当然可以。
若在侦查过程中，发现涉案人员并无触犯刑法之事实，则应当撤销该案件;
如其已经被逮捕，亦需立即予以释放，并发放相应的释放证明文件，同时需将此情况通知原批准逮捕的司法机关。
当公安机关决定撤销案件时，必须上报上一级领导进行审查批准后，再撰写一份详细的撤销案件报告。
而对于检察机关而言，在处理由其直接受理侦查的刑事案件时，如果确认被告人依法不应承担刑事责任，也可作出撤销案件的决定。
对于此类决定撤销的案件，应当制作撤销案件决定书。
同样地，公安机关在收到检察机关的撤销案件决定后，需要撰写撤销案件通知书，并将其报送检察机关。
《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
(二)犯罪已过追诉时效期限的；
(三)经特赦令免除刑罚的；
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。