甲方扣除乙方违约金数额过高怎么处理

若甲方扣除乙方的违约金数额过高，则乙方有权请求当地的人民法院或相关的仲裁机构对其进行合理的削减调整；
在支付违约金的过程中，应紧密联系实际所造成的损失状况。
同时，双方当事人甚至可以协商并约定在一方出现违约行为时，应该根据具体的违约情况向另一方支付相应金额的违约金；
又或者规定在发生违约后，如何计算双方彼此之间的损失赔偿额等等。
《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。