甲方扣除乙方违约金数额过高怎么处理?

在遇到甲方扣除乙方违约金金额过高的情况下，作为乙方有权利要求当地的人民法院或仲裁机构给予妥善调整，适当减少相应的违约金额。
对于违约金的支付额度，需要严格按照具体造成的实际经济损失进行参考核定，允许双方当事人自行协商议定一旦发生违约事件，由主动违约者依据该行为对另一方所造成实际影响，支付相应的违约金款额；
或是确定因履行合约过程中所出现的违约情形而导致的具体损失赔偿计算方式。《民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。