借条上写明超过三年未还款会自动失效吗

实际上并非如此。
诉讼时效乃法律设立的保护措施，旨在确保所有人能够在法定时间范围内行使自身权益，若未能行使，则义务人均有权依法拒绝履行。
依据民事诉讼法，当事人寻求司法救济以维护自身权益的期限均设定为三年。
然而，法律另有特殊规定的情形除外。
在此情况下，其时效期应依相关特定法律法规予以确定。
诉讼时效期从权利人已知晓或应当知晓自身权益受侵害及义务人身份之日起开始计算。
若超过该周期，权力人将丧失胜诉权。
尽管如此，有必要明确指出的是，借条本身并不因此而失效，仅仅意味着此项债权转变成为自然债（即无法通过强制手段执行的债权）;
只要债务人愿意自觉履行，债权人完全可以接受此种方式实现清偿;
而且在债务人已经履约后，其不得以此项债务已超过诉讼时效期限为由，再次要求返还已偿还部分的欠款。
《民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法律另有规定的，依照其规定。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。