公司新出的制度，月底最差的两个人，自己主动辞职而且还罚款1000元，中途辞职的罚款2000元，这合法吗

1、一般情况下，当你们报案并立案后，自己主动要求追究其刑事责任警察才会去找那两人。如果你们不追究他们的责任的话，一般警察不会去找别人麻烦。
2、一般情况就算是个行政责任（从实际生活上讲），但严格的说在刑事责任上属于故意伤害（他人）罪，此罪要分伤害的等级来判刑，像你所说的你们曾有受伤证明，你另外再让医院做一个伤势认定，比如轻微伤、较严重等等，然后追究他们的责任。
3、一般警察也就是立个案，再就是以行政案件来处理，让一方看具体情况赔个经济费用，然后拘留个几天，也就算结束了。
4、找不到人，那就继续找人，反正立案过了，有个档案备份，等人找到了今后调档继续审理（这是刑事案件的程序）。此外，一般当事人追究行政责任，会拘留几天就算好了。上面是对于两个人打架怎么处理的解答