本院认为,根据当事人双方陈述及递交的证据,双方之间明显系车辆买卖合同关系,双方争议的焦点是被告是否付清拖欠原告的购车款。原告主张被告应偿还欠款39686元,并支付利息截止到2020年6月30日为3968.6元至还清之日,用于支持自己主张的证据是2020年元月21日被告签署同意并签名的欠条复印件,并称被告在没有付清欠款的情况下将欠条原件撕毁,另递交了购车协议;被告主张除通过微信转账、银行转账支付部分欠款外,另外用现金将拖欠原告的车款全部付清后,原告负责人将欠条原件交给被告,被告亲自将欠条原件撕毁,用于支持自己主张的证据是微信转账记录、银行转账记录。从双方递交的证据看,2016年2月21日被告欠原告款项仅为42260元,此后,被告于2017年3月26日还款20000元,2018年6月24日、2019年6月15日通过燕靖宙分两笔还款9000元,2020年6月30日还款20000元,证明被告已足额还款,而原告所持2020年元月21日欠条复印件、原告法定代表人手机录音虽能证明被告是在2020年6月30日偿还20000元后将原件撕毁的,但明显是在双方对欠款数额发生争议情况下撕毁的。现原告在被告能充分证明多次还款的情况下,仍不予认可,又无证据证明还存在其他债权债务关系,故对其诉讼请求依法不予支持。
依照《中华人民共和国合同法》第六条、第六十条,《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款的规定,判决如下: