本罪与非罪的界限
1.区分合法行为与犯罪的界限。根据《渔业法实施细则》第19条的规定，因科学研究等特殊需要。在禁渔区、禁渔期捕捞或者使用禁用的渔具、捕捞方法，或者捕捞重点保护的渔业资源品种，只要经过省级以上人民政府渔业行政主管部门批准，即为合法，不构成本罪。
2.区分一般违法行为与犯罪的界限。不具备情节严重的非法捕捞水产品的行为，如未按渔业法规定取得捕捞许可证而擅自进行捕捞，数量不大的;使用禁用的渔具和方法捕捞水产品但未造成严重危害后果的;偶尔违反捕捞许可证关于作业类型、场所、时限等方面的规定进行捕捞的，属于一般违法行为，尚未构成犯罪，由渔业主管部门或公安机关予以行政处罚。情节是否严重，是区分两者的标准。
本罪与盗窃罪的界限
两罪在主观故意的形态上是相同的，只是故意的内容不同。非法捕捞水产品故意的内容是明知非法捕捞的行为违反保护水产资源法规，仍故意为之;盗窃罪故意的内容是以非法占有为目的而为的秘密窃取的行为。因而说明了非法捕捞水产品罪与盗窃罪是性质不同的犯罪，区别是：
1.客体不同。本罪侵犯的客体是国家对水产资源的管理制度，属于破坏环境资源保护的犯罪;后罪侵犯的客体是公私财物的所有权，属于侵犯财产的犯罪。
2.客观方面不同。本罪表现为违反国家保护水产资源法规非法捕捞水产品的行为，而盗窃罪为以秘密方法非法占有公私财物的行为。因而在实践中，以非法占有为目的，在水面或他人承包的渔塘中，毒死或炸死较大数量的鱼并将其偷走，未引起其他严重后果的，应以盗窃罪论处。
3.主体不同。本罪的主体既包括自然人又包括单位，盗窃罪的主体只能是自然人。
4.犯罪对象不同。本罪的对象是除了珍贵水生动物以外的所有水产品资源，具有特定性，盗窃罪的对象则范围广泛，包括所有的公私财物。
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