法律分析：
其实有纠纷的房屋和拆迁并不冲突，因为拆迁与债权债务是两个不同的法律关系，只要拆迁的程序是合法的，而且房屋的所有权人是明确的，那么只要拆迁方能把拆迁款发放到位，而房屋所属人签订了拆迁协议，那么房屋是否存在纠纷并不影响拆迁的进程。
法律依据：
《行政诉讼法》第五十六条
诉讼期间，不停止行政行为的执行。但有下列情形之一的，裁定停止执行：
（一）被告认为需要停止执行的；
（二）原告或者利害关系人申请停止执行，人民法院认为该行政行为的执行会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害国家利益、社会公共利益的；
（三）法律、法规规定停止执行的。
对比，您可以向法院申请停止执行拆除行为。
同时，政府实施拆除行为，必须依法按照法定程序进行。
律师提示：
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相关补充1：
平房拆迁有纠纷能够只拆一部分吗
房屋征收拆迁是整体征收拆迁的，不以只拆除一部分，另一部分不拆除，这样对房屋的质量造成严重影响。房屋是属于一个整体，不能因只有部分房屋在征收范围内就只拆除部分房屋，只拆除部分房屋会造成整栋房屋无法使用，具有安全隐患，所以只拆迁部分房屋不合法。
相关补充2：
司法局能够调解拆迁纠纷吗
司法局可以调解拆迁纠纷，司法局主要工作职责包括：
1、指导管理人民调解工作，参与调解疑难、复杂民间纠纷。
2、承担社区矫正日常工作，组织开展对社区服刑人员的管理、教育和帮助。
3、协调有关部门和单位开展对刑释解教人员的帮教工作。
4、组织开展法制宣传教育工作。
5、组织开展基层依法治理工作，为街道办事处依法行政、依法管理提供法律意见和建议。
6、协助基层政府处理社会矛盾纠纷。
7、参与社会治安综合治理工作。
8、完成上级司法行政机关和街道办事处交办的维护社会稳定的有关工作。
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