补充合同与主合同结算单价不一致应该怎么样办?

建设施工合同制度明确要求此类合同需向有关部门进行备案，如果出现建设施工合同与“补充协议”之间的规定存在差异的情况时，应按照何种准则进行工程款项的最终结算？依照我国最高人民法院发布的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》中的第21条，“当自订立的建设工程施工合同与已经过备案的中标合同本质上的内容相冲突时，为了保证工程价款的公正核算，应依照已备案的中标合同为准”。
这便是我们所说的“黑白合同”，也称之为备案合同，应以此为基础进行结算的常规原则。
值得关注的是，即便是非强制招标工程项目，只要是按照相应流程完成了招投标活动，并签订了相关的施工合同并且进行了备案工作，那么无论之后是否再订立另一份“黑白”合同，均应遵循《司法解释》中的第21条规定，采用备案合同来进行工程结算。
因此，如发现主合同以及补充合同的结算结果存在出入时，首先要查看合同中如何对这一问题做出具体的约定;
如无约定，则通常会以补充协议为准。
但如果发现补充协议的签署过程存在违法违规行为的话，则应优先考虑以主合同为准进行结算。《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定