一、罪与非罪
1、区分罪与非罪的界限，主要看情节是否严重。尚未达到严重程度的，不应作为犯罪论处，构成犯罪的，也只限于追究首要分子和其他积极参加者的责任。对一般参加者，可酌情予以批评教育或适当的违纪、违法处理。
2、本罪与群众闹事的界限。对于因领导上的官僚主义，对涉及群众利益的事处理不当，或者工作上的失误，以致引起群众闹事的，主要靠改进工作和说服教育，不能动辄以犯罪论处。但对于借群众闹事之机，煽动群众，提出无理要求，破坏社会正常秩序，符合第290条规定的，应以聚众扰乱社会秩序罪依法追究刑责任。
二、此罪与彼罪
本罪与妨害公务罪的界限。两者的区别是：
(1)侵犯对象不同。本罪以国家机关为侵犯对象;后者以个别正在依法执行职务的国家工作人员为侵害对象。
(2)犯罪方法不同。本罪可以采用暴力、威胁的方法，也可以采用非暴力非威胁的方法如起哄闹事;后者一般只限于使用暴力、威胁的方法。
(3)犯罪形式不同。本罪要求聚众形式;后者不要求具备聚众形式。
法律依据：《中华人民共和国刑法》
第二百九十条
【聚众扰乱社会秩序罪】聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研、医疗无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑;对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
【聚众冲击国家机关罪】聚众冲击国家机关，致使国家机关工作无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处五年以上十年以下有期徒刑;对其他积极参加的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
【扰乱国家机关工作秩序罪】多次扰乱国家机关工作秩序，经行政处罚后仍不改正，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。
【组织、资助非法聚集罪】多次组织、资助他人非法聚集，扰乱社会秩序，情节严重的，依照前款的规定处罚。
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